Analisis Kekerabatan Salmonella typhi Asal Jateng dan Yogyakarta Berdasarkan Sekuens Gen Flagellin fliC

Darmawati, Sri, Dar and Prastiyanto, Muhammad Evy, Pra (2015) Analisis Kekerabatan Salmonella typhi Asal Jateng dan Yogyakarta Berdasarkan Sekuens Gen Flagellin fliC. Artikel.

Preview

Text Prosiding Semnas Bioteknologi Sri Darmawati fix.pdf Download (208kB) | Preview

Abstract

Tujuan penelitian untuk analisis kekerabatan Salmonella typhi asal Jawa Tengah dan Yogyakarta berdasarkan sekuens gen fl agellin fl iC dan mengetahui jenis serovarnya serta mengetahui keanekaragaman genetiknya. Sampel penelitian adalah 10 strain bakteri Salmonella typhi (7 strain dari Semarang, 1 strain dari Salatiga dan 2 strain dari Yogyakarta) yang diisolasi dari kultur darah pasien Widal positif. Analisis sekuens gen fl iC dilakukan dengan isolasi DNA, PCR, kemudian sekuensing. Analisis kekerabatan dilakukan dengan merekonnstruksi pohon fi logeni berdasarkan Algoritme Neighbour Joining (NJ), dan analisis similaritas nukleotida digunakan program Phydit. Hasil PCR dan sekuensing menunjukkan ukuran gen fliC pada Salmonella typhi SLT.1 asal Salatiga adalah 1267bp sedangkan 9 strain yang lainnya berukuran 1452-1488bp. Analisis kekerabatan berdasarkanAlgoritme NJ, topologi pohon fi logeni terdiri dari 6 clade, berturut-turut clade 1 dan 2 beranggotakan masing-masing 3 strain, clade 3, 4, 5 dan 6 masingmasing beranggotakan 1 strain. Strain SLT.1 berkerabat dekat dengan BA 07.4(nilai similaritas 98,83%) dan EM.3 (nilai similaritas 98,74%) isolat Semarang yang terletak pada clade 1. Kata kunci: Analisis kekerabatan, Salmonella typhi, flagellin, gen fl iC

Actions (login required)

View Item